اهداف سازمان دامپزشكی كشور:

1. تأمين بهداشت، سلامت و فراهم كردن رفاه دام ، كنترل، پيشگيري و مبارزه با بيماري‌هاي دامي.

2. تأمين و تضمين بهداشت و سلامت فرآورده‌هاي  دامي.

3. پيشگيري و مبارزه با بيماري‌هاي مشترك انسان و دام.

4. راهم كردن شرايط ورود به بازارهاي جهاني، توسعه پايدار و سرمايه گذاري در بخش دام

5. اجراي الزامات ، مقررات و دستورالعمل هاي بهداشتي سازمآن‌هاي بين المللي مرتبط

وظايف اساسی سازمان دامپزشكی كشور:

1. سياست گذاري،برنامه ريزي،تدوين ضوابط ومديريت شبكه هاي مراقبت بيماري‌هاي دامي نظير شبكه هاي ملي مراقبت بيماري‌هاي حيواني (خاكزي)، بيماري‌هاي حيواني(آبزي) و بيماري‌هاي مشترك انسان و حيوان   

2. انجام اقدامات و هماهنگي هاي لازم با واحدهاي تابعه استاني براي شناسايي كانون بيماري‌هاي دامي و عوامل مؤثر در وقوع و انتشار آن‌ها. 

3. سياست گذاري ، برنامه ريزي ونظارت براي تامين بهداشت دام از طريق كنترل، پيشگيري و ريشه كني بيماري‌هاي واگيردار و قرنطينه اي دام.

4. انجام اقدامات وهماهنگي هاي لازم براي مبارزه با بيماري‌هاي مشترك دام بين انسان و حيوان با همكاري وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشكي و ساير مراجع ذيصلاح.

5. سياست گذاري، برنامه ريزي ، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي براي ورود و خروج و نقل و انتقال دام و فرآورده‌هاي  دامي( ملي و بين المللي) و صدور مجوزهاي بهداشتي مرتبط.

6. سياست گذاري، برنامه ريزي، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي دركارخانه‌هاي توليد خوراك دام ،كشتارگاه ها وكارخانه هاي توليد وفرآوري محصولات دامي با هماهنگي دستگاه هاي ذيربط.

7. بازرسي و كنترل كيفي بهداشتي فرآورده‌هاي  خوراكي دام از مرحله توليد تا توزيع(از مزرعه تا سفره مصرف كننده) .

8. سياست گذاري، برنامه ريزي، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي درمحيط هاي زندگي،پرورش ونگهداري دام وسايرتاسيسات مربوطه.

9. سياست گذاري، برنامه ريزي و نظارت بر اقدامات اجرايي كنترل و پيشگيري بيماري‌هاي غير واگير از جمله بيماري‌هاي متابوليك ، مسموميت ها و...

10. مديريت اجراي برنامه هاي ملي، منطقه اي و بين المللي براي كنترل ، پيشگيري و ريشه كني بيماري‌هاي فرامرزي باهماهنگي واحدهاي ذي ربط.

11. راه اندازي شبكه ملي تجزيه و تحليل خطرات احتمالي براي جلوگيري از ورود عوامل بيماري زا به داخل‌كشور.

12. سياست گذاري، برنامه ريزي و مديريت بحران و واكنش هاي سريع براي بهداشت دام و ايمني مواد غذايي در سطح ملي.

13. سياست گذاري، برنامه ريزي و نظارت بر اقدامات پيشگيرانه و كنترلي بيماري‌هاي واگير دار و قرنطينه اي در حيوانات وحشي و پرندگان آزادپرواز با همكاري مراجع داخلي و بين المللي مرتبط .

14. سياست گذاري و تعيين انواع مختلف حيوانات خانگي بي خطر براي جامعه و اعمال ضوابط بهداشتي و راهبري مراكز بهداشتي درماني بخش غير دولتي دامپزشكي براي صدور شناسنامه اين حيوانات و ايمن سازي مستمر آنان در برابر بيماري‌هاي واگيردار.

15. برنامه ريزي ومديريت شبكه ملي ثبت انواع داروها ، فرآورده‌هاي  بيولوژيك، واكسن ها، سرم ها ضد عفوني ها ، سموم و مواد بيولوژيك و مواد اوليه.

16. سياست گذاري و تعيين ضوابط توليد و پرورش حيوانات آزمايشگاهي و استاندارد گذاري آنان و تدوين مقررات و آيين نامه هاي لازم و اعمال انان براي پرهيز و اجتناب از آزار حيوانات وبه حداقل رساندن مطالعات in vivo (حيوانات زنده).